Flavigny était appelé autrefois Flaviniacum ou comme écrit dans un titre des archives départementales Saint Firmin ou Sanctus Firminus
Le prieuré
Au début du 10ème siècle, Bérenger, évêque de Verdun, reçoit en héritage de l'empereur Othon le village de Flavigny, comprenant son église St Hilaire, sa pêcherie, ses prés, ses moulins… et ses habitants, soit 26 familles de serfs. Il le cède au frère Humbert en 952, dans le but de tirer subsistance de ce patrimoine. Il y ajoute les reliques de St Firmin, placées en l'église St Hilaire. De nombreux miracles se produisent alors !
Rainulphus, envoyé par l'évêque de Verdun, établit une grange à Flavigny. En 1020, le prieuré est bâti, avec sa chapelle et ses bâtiments annexes. Ce dernier, à partir de 1085, connaît une prospérité incomparable grâce aux donations successives dues à la notoriété croissante des miracles des reliques de Saint-Firmin et à la bienveillance des familles d'Acraigne et de Crévéchamp.
En 1130, la grange bénédictine de Flavigny devient un prieuré autonome, elle n'est alors plus rattachée à l'abbaye de Verdun. Pendant la guerre de cent ans, les bourguignons saccagent la chapelle. Elle est reconstruite vers 1480 dans le style actuel, par le prieur bénédictin, Dampt Barthélémy de Lucy, qui en fait la réplique de la chapelle des Cordeliers de Nancy. Au 18è siècle, un autre prieur Dom Rémi Cellier, procure au couvent prospérité et notoriété grâce à la qualité de ses écrits et à la richesse de sa bibliothèque.
La Révolution provoque la vente du prieuré en 1791. En 1824, viennent s'installer des Bénédictines de Ste Eustase de St Dié qui établissent un pensionnat de jeunes filles mais en 1904 suite à la séparation de l'Eglise et de l'Etat, elles sont obligées de partir. En 1924, grâce à de nombreux dons, en particulier d'américains, un préventorium est ouvert avec l'aide des filles de la Charité de St Vincent de Paul, sous la direction de Jacques Parisot, médecin éclairé, pionnier de la lutte contre la tuberculose.
L'église
A partir de 1809, l'église St Hilaire, qui date d'avant le Xème siècle, est jugée trop petite pour accueillir les paroissiens. Elle est surtout dans un état de délabrement avancé. La construction d'une nouvelle église est décidée en 1822. En 1826, les travaux sont achevés. Le curé, Léopold Baillard, demande à l'évêque que St Firmin soit considéré comme deuxième patron de la paroisse. La bénédiction de la nouvelle église St Hilaire- St Firmin est prononcée par Monseigneur Jeanson le 28 décembre 1826.
En 1844, la commune fait l'achat d'un orgue auprès de Nicolas Lete, facteur d'orgues du roi à Mirecourt. La partie instrumentale de cet orgue a été classée monument historique en 1980.
Le village
Au moyen âge, le village est composé de 3 parties : la grande ou haute Flavigny (ville haute actuelle) et la petite ou la basse Flavigny (centre du village et rue de Mirecourt) et au milieu, un vaste domaine occupé par le prieuré. En 1808, un nouveau quartier voit le jour, appelé Ville Neuve ou neuve Flavigny. Il s'étend de la rue de la Maladrie vers la rue de l'ancien pont. Au début du siècle, les maisons situées près de l'église constituaient le quartier St Hilaire. Flavigny a connu jusqu'à 7 fontaines alimentées par 4 sources. Elles ont été au fil du temps entretenues, démolies, reconstruites, déplacées. Aujourd'hui, il n'en reste que deux.
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Le village possède 4 ponts:
- Le pont du gouvernement ou pont national (1850), auparavant en bois (1750) situé à 100m en aval de ce dernier.
- Le pont du Chaubourot (pont en bois en 1848, pont en fer en 1870, détruit en 1944, enfin pont de pierre)
- le pont canal, réalisé à l'initiative de Charles de Freycinet (1880)
- le pont enjambant le canal sur la route départementale
